近十几年来，研究者对大批的中药有效部位或有效单位进行了实验研究，取得了一些进展。然而随后进行的临床研究却往往发现，这些有效成分/组成成分生物利用度低，疗效不能与复方整体相比。这一问题的根源在于在开发中药复方的过程中，只注重筛选有效组分甚至有效成分，无法全面地阐述中药复方的整体性。
有效组分不代表全方
伴随中药现代化的深入，不断有学者提出新的理论和方法来研究中药物质基础与阐述中药（复方）的作用机制，如“霰弹理论”、“疾病缩减效应假说”、“药物能量理论”、“证治药动学假说”等。各种理论假说的提出，不但从多层次、多角度阐述了中药复方的机制和物质基础，而且丰富了中药复方研究的思路和方法。但这种研究思路只考虑大批复方的有效组分，注重筛选有效组分甚至有效成分，忽视了复方中其他组分在疾病治疗中的作用，不符合中药复方防治疾病的物质基础是成分之间的相互协调，相互作用，从而达到整体作用的规律。
二十世纪六十年代，我国科研人员从中医学宝库中吸取灵感，从黄花蒿中提取了抗疟疾有效成分青蒿素，经过多年努力，在青蒿素基础上，又相继研发出蒿甲醚、青蒿琥酯。然而，上述药物都存在着自身难以克服的弱点，如作用时间短，复发率高等。
军事医学科学院的周义清教授将蒿甲醚与苯勿醇配伍使用，最终研制出首个含青蒿素类衍生物的新型固定比例的复方抗疟药-复方蒿甲醚。该制剂具有速效、高效、治愈率高、使用安全、方便的优点，既能延缓化学合成药物抗药性出现，又能克服青蒿素杀灭虐阎崇不能彻底的缺陷。这个例子说明中药有效成分在效果上并不完善，要想达到最佳疗效必须依赖合理的配伍。
非有效组分并非无用
近年来，中药化学、中药药理学、生物药剂学等学科多年的基础研究表明，在中药复方的物质基础研究中不能小视出有效组分以外的成分的作用。因此有学者提出，中药复方中含有的物质可分为有效组分，功能组分和无用成分。中药复方物质基础由有效组分和功能组分共同构成。在考量中药复方的物质基础时必须要考虑功能组分。
从方剂学角度来说，功能组分在提取过程中对有效组分具有辅助增溶的作用，可以提高有效组分的溶出。例如，茵陈蒿中的二甲基香豆精为例但有效成分，但因其为疏水性成分，因此煎煮时溶出量不多。而煎汤时，茵陈蒿中共存的脂肪类和多糖成分可是二甲基香豆精的2次煎出率达到90%以上。从药效学角度来讲，功能组分对复方中其他类组分具有减毒增效的作用。如人参四逆汤中干姜与附子共煎可使乌头碱的结构发生了改变，从而达到了减毒增效的作用；吴茱萸汤中吴茱萸生物碱毒性增高，由于加入大枣与其合用，使其毒性大大降低。从生物药剂学方面来讲，功能组分可以影响有效组分的胃肠道吸收，拖过药物转运载体、药物代谢与有效组分发生相互作用，有可能促进有效组分体内吸收。如呋喃香豆素类衍生物，可以抑制大鼠肝微粒体CYP2C、CYP3A、CYP2D1的活性。
可以说，中药的物质基础是一个有序的整体，具有“三个层次多维结构”。一是最基本单元，即单位成分，具有稳定的结构；二是由同一化学类别成分构成的组分，组分中各单位成分之间存在配伍配比关系；三是由多组分构成的整体即中药复方的物质基础，其各组分间存在配伍配比关系。
应重视功能组分研究
中药功能组分研究设想的提出，为中药复方物质基础研究推开了另一扇门窗，并有可能取得突破。
从化学/药效学角度来对中药复方的功能组分进行研究，必须根据其化学或药效学特点，利用现代提取分离、分析和评价技术获得该类组分，进而利用现代生物药剂学的研究方法对其体内特性进行研究。吸收、分布、代谢、排泄及药物间相互作系统（ADME）是完成这一项研究的桥梁。
口服用药是中医药治疗的主要手段。现代医药学研究表明，口服后药物无论产生药效或药理作用或表现出药代动力学行为都必须经过胃肠道吸收，只有吸收良好的中药制剂才能充分体现传统中药的治疗价值。因此，中药的吸收、分布、代谢和排泄研究是中药现代化历史进程中一个基本的和重要的科学问题。运用多学科的交叉和交流的ADME系统，可以从分子和细胞水平获得合理、客观的数据。
通过中药复方在ADME系统中各个环节的研究，可以对中药复方的组分有更加深刻的认识，即原来用植化和药动学等传统研究方法所得无效组分可能对有效组分的ADME环节产生影响。ADME环节的研究同前人的研究相结合，必将更加客观、全面地阐述中药复方配伍的机制，对推动中医药现代化产生深远的影响。
